تبدأ قصتنا في اليوم الذي ولد فيه ناروتوعندما هاجم قرية كونوها ثعلب عملاق له تسعة ذيول صاحب قوة مدمرة يعرف بالكيوبي، لم يفلح أقوى الشينوبي (مقاتلو النينجا) في القرية في التصدي له مما اضطر الهوكاجي الرابع (قائد القرية) إلى التضحية بنفسه في سبيل ختم ذلك الوحش داخل المولود الجديد ناروتو.
اجتمع على ناروتومرارة اليتم والوحدة وبغض أهل القرية وتجنبهم له بسبب ذلك الوحش الذي يحيا بداخله، لكنه لم يستسلم لذلك وأصرّ على أن يعترف الجميع به وأن يكون الهوكاجي الذي يحمي القرية يوما ما وفي سبيل ذلك كافح ليكسر عزلته وكوّن أصدقاء يرافقونه دربه الشاق فمهم سيمتلك القوى لتحقيق حلمه.
تنتهي أحداث الجزء الأول بهروب عضو الفريق السابع يوتشيها ساسكي صديق ناروتو من القرية للالتحاق بأوروتشيمار وشينوبي القرية المطلوب ليحصل منه على القوة التي تمكنه من إدراك ثأره من أخيه إيتاتشي الذي قتل والديه وأباد عشيرته وانطلق هاربا من القرية.
يتزامن ذلك مع ظهور منظمة شريرة تدعى الأكاتسُكي تسعى للسيطرة على العالم بجمع وحوش البيجو التسعة الموزعة بين قرى النينجا منها الكيوبي المختوم بداخل ناروتو.
نتيجة لذلك ينطلق ناروتوفي رحلة طويلة مع المعلم جيرايا للتدريب ومحاولة ترويض الكيوبي الموجود بداخله والاستعانة بقوته استعدادا لمواجهة رجال الأكاتسكي الذين يسعون خلفه.